核心结论：
十六岁男孩对十二岁女孩实施性侵行为，根据《中华人民共和国刑法》第二百三十六条的规定，该行为构成强奸罪，且因受害人为不满十四周岁的幼女，将从重处罚。
法律分析：
一、关于强奸罪的认定
根据《中华人民共和国刑法》第二百三十六条，以暴力、胁迫或者其他手段强奸妇女的，处三年以上十年以下有期徒刑。对于奸淫不满十四周岁的幼女的行为，法律明确规定以强奸论，且从重处罚。本案中，受害女孩年仅十二岁，显然属于不满十四周岁的幼女，因此，无论是否使用暴力、胁迫手段，只要发生了性侵行为，即构成强奸罪。
二、从重处罚的情节
强奸幼女行为本身即属于从重处罚的情节。此外，如果案件中存在其他加重处罚的情节，如情节恶劣、多人轮奸、在公共场所当众实施、造成幼女伤害等，根据第二百三十六条的规定，将处十年以上有期徒刑、无期徒刑或者死刑。在本案中，具体情节需由司法机关进一步查明，以确定最终的刑罚幅度。
三、对犯罪嫌疑人的处理
由于犯罪嫌疑人为十六岁，根据《中华人民共和国刑法》第十七条的规定，已满十六周岁的人犯罪，应当负刑事责任。因此，该男孩需为其犯罪行为承担相应的刑事责任。同时，考虑到其未成年人的身份，在量刑时可能会从轻或减轻处罚，但具体的刑罚幅度需由法院根据案件具体情况进行裁量。
四、对受害人的保护
在本案中，受害人不仅遭受了身体上的伤害，还可能面临心理上的创伤。因此，司法机关在处理此类案件时，应充分关注受害人的权益保护，包括提供必要的医疗救治、心理疏导等服务。同时，根据《中华人民共和国未成年人保护法》的相关规定，学校、家庭和社会各方面也应共同努力，为受害人营造一个安全、健康的成长环境。
综上所述，16岁男孩对12岁半女孩实施性侵行为已构成强奸罪，且将从重处罚。司法机关将依法追究犯罪嫌疑人的刑事责任，并充分保障受害人的合法权益。
法律依据：《中华人民共和国刑法》
第十七条 已满十六周岁的人犯罪，应当负刑事责任。
已满十四周岁不满十六周岁的人，犯故意杀人、故意伤害致人重伤或者死亡、强奸、抢劫、贩卖毒品、放火、爆炸、投放危险物质罪的，应当负刑事责任。
已满十二周岁不满十四周岁的人，犯故意杀人、故意伤害罪，致人死亡或者以特别残忍手段致人重伤造成严重残疾，情节恶劣，经最高人民检察院核准追诉的，应当负刑事责任。
对依照前三款规定追究刑事责任的不满十八周岁的人，应当从轻或者减轻处罚。
因不满十六周岁不予刑事处罚的，责令其父母或者其他监护人加以管教；在必要的时候，依法进行专门矫治教育。
第二百三十六条 以暴力、胁迫或者其他手段强奸妇女的，处三年以上十年以下有期徒刑。
奸淫不满十四周岁的幼女的，以强奸论，从重处罚。
强奸妇女、奸淫幼女，有下列情形之一的，处十年以上有期徒刑、无期徒刑或者死刑：
（一）强奸妇女、奸淫幼女情节恶劣的；
（二）强奸妇女、奸淫幼女多人的；
（三）在公共场所当众强奸妇女、奸淫幼女的；
（四）二人以上轮奸的；
（五）奸淫不满十周岁的幼女或者造成幼女伤害的；
（六）致使被害人重伤、死亡或者造成其他严重后果的。